La CMDH está plenamente institucionalizada con un Consejo amplio, representativo y participativo.
Cuenta con comités de trabajo y estudio por especialidad en las diferentes áreas de los Derechos Humanos.

La CMDH está conformada por:

1. Consejo Consultivo.- Está integrado por los Ex Presidentes, así como por aquellas personas que designe mediante nombramiento específico la Asamblea de Asociados a propuesta del Consejo Directivo.

2. Consejo Directivo.- Son todos los Socios designados por la Asamblea, con derechos a salvo, cuya función principal es la toma de decisiones sobre los trabajos que implementa la Comisión, como lo es el Presidente, los Vicepresidentes, el Secretario, el Tesorero y el Comisario.

3. Simpatizantes y Coadyuvantes.- Son personas físicas o morales que expresen su deseo de contribuir a las causas de la CMDH, o específicamente en una área o proyecto determinado.